ПЦР-тест на РНК коронавируса SARS-CoV-2

ПЦР-тест на РНК коронавируса SARS-CoV-2, включая определение штаммов Омикрон и Дельта, в мазке со слизистой носоглотки и ротоглотки (Coronavirus SARS-CoV-2 RNA detection, including Omicron and Delta genetic variants, in a nasopharyngeal and oropharyngeal)

Краткое описание исследования «ПЦР-тест на РНК коронавируса SARS-CoV-2, включая определение штаммов Омикрон и Дельта, в мазке со слизистой носоглотки и ротоглотки»

SARS-CoV-2 относится к большому семейству РНК-содержащих вирусов – коронавирусов (лат. Coronaviridae), вызывающих респираторные заболевания. В настоящее время известно о циркуляции среди населения четырех видов коронавирусов (HCoV-229E, -OC43, -NL63 и -HKU1), которые круглогодично присутствуют в структуре ОРВИ и, как правило, вызывают поражение верхних дыхательных путей легкой и средней тяжести. К семейству коронавирусов также относятся опасные вирусы SARS-CoV и MERS-CoV, вызывающие тяжелый острый респираторный синдром и ближневосточный респираторный синдром, соответственно.

Основным источником инфекции SARS-CoV-2 является больной человек, в том числе находящийся в инкубационном периоде заболевания. В настоящее время считается, что инфекция передается воздушно-капельным (при кашле, чихании, разговоре), воздушно-пылевом и контактным путями. При этом факторами передачи могут быть: воздух, пищевые продукты и предметы обихода, контаминированные SARS-CoV-2.

Инкубационный период составляет от 2 до 14 суток.

Диагноз коронавирусной инфекции SARS-CoV-2 устанавливается на основании клинического обследования, данных эпидемиологического анамнеза и результатов лабораторных исследований.

Для заболевания характерно наличие клинических проявлений острой респираторной вирусной инфекции. Основными симптомами являются повышение температуры, кашель сухой или с небольшим количеством мокроты, одышка, миалгия и утомление, ощущение заложенности в грудной клетке. На раннем этапе заболевания возможны диарея, тошнота, рвота. Различают легкую, среднюю и тяжелую формы инфекции SARS-CoV-2. Тяжелая форма заболевания протекает как пневмония с острой дыхательной недостаточностью, острый респираторный дистресс-синдром (ОРДС), сепсис.

Патогенез новой коронавирусной инфекции SARS-CoV-2 изучен недостаточно. Данные о длительности и напряженности иммунитета в настоящее время отсутствуют. Иммунитет при инфекциях, вызванных другими представителями семейства коронавирусов, нестойкий и возможно повторное заражение.

Количество вариантов SARS-CoV-2 в настоящее время превышает 1000 разных генетический линий. Большинство зарегистрированных мутаций SARS-CoV-2 не имеют функционального значения. Только отдельные линии имеют выраженное эпидемическое значение. Варианты дельта и омикрон, получившие широкое распространение, несут в своем геноме мутации, повышающие контагиозность вируса. Вариант омикрон, несущий множественные замены в S-белке коронавируса, половина из которых расположены в рецептор-связывающем домене, обладает наивысшей контагиозностью среди всех вариантов SARS-CoV-2.

Для специфической лабораторной диагностики, подтверждающей инфекцию SARS-CoV-2, применяют метод ПЦР.

Набор реагентов для выявления РНК генетических вариантов «Омикрон» (включая, ВА.2 вариант: «стелс-омикрон») и «Дельта» коронавируса SARS-CoV-2 основан на определении характерных мутаций в S гене. Это позволит наладить мониторинг за циркуляцией новых разновидностей вируса «Дельта» и «Омикрон» с целью проведения необходимых противоэпидемических и клинических мероприятий.